Il existe dans la série Metal Gear plusieurs unités, c'est par ses unités que le héros que le joueur incarne à été envoyé sur le terrain pour la mission d'infiltration. Toutes ses unités sont réliées d'une certaine façon puisque chacun des commandants de la suivante étaient présents dans la précédente, je m'explique: 

/!\ ATTENTION SPOIL /!\

Unité FOX : 1964-1970:
Cette unité fut créer par le Major Tom, un membre de la CIA ayant gagné de l'experience au Special Air Service, il propose à la CIA la création d'une unité FOX signifiant Force Opération X. Il est alors soutenu par The Boss et la FOX voit le jour en 1964.
L'unité FOX est utilisé pour 2 missions, la mission Vertueuse et la mission Snake Eater. (Voir Metal Gear Solid 3)
FOX est dissoute en 1970 peu de temps après la démission de Big Boss
Lors de la mission Snake Eater, il y avait 4 membres dans la FOX:
- Major Zero : Commandant
- Naked Snake (Futur Big Boss) : Agent sur le terrain
- Para Medic : Aide médicale
- Sigint : Aide technique, armements

Fox Hound sous Big Boss : 1971-1995:
Fox Found est créer par Big Boss après que FOX est été dissoute, la plupart des soldats sont des soldats soviétiques abandonnés. L'unité conduira plusieurs actions pour les Etats Unis avant le mission à Outer Heaven connu aussi sous le nom de Intrude N313. Après la trahison de Big Boss lors de cette même mission et le sauvetage de Drago Pettrovich Madnar et de Gray Fox par Solid Snake ainsi que la mort de Big Boss, Solid Snake quitte Fox Hound.
Il y avait, sans compter les membres soviétiques, des membres plus importants dans cette unité:
- Big Boss : Commandant et créateur, il est connu comme étant le meilleur soldat du 21ème siècle
- Roy Campbell : Second commandant
- Gray Fox : Meilleur agent de Fox Hound
- Solid Snake : Jeune recrue
- Mister Miller : On peut supposer qu'il était déjà présent dans l'unité en tant qu'instructeur de Solid Snake comme il l'avait laissé entendre dans Metal Gear Solid

Fox Hound sous Campbell : 1995-2000:
Après la mort de Big Boss à Outer Heaven, Campbell va reprendre le contrôle de Fox Hound, il rappelle Solid Snake à cause d'un problème à Zanzibar, Snake doit secourir le docteur Marv et détruire des armes nucléaires qui sont sencé être à Zanzibar.
Snake apprend lors de la mission de Big Boss est toujours vivant, qu'il dirige Zanzibar et qu'il a créer un nouveau Metal Gear, encore une fois il l'arrête, détruit le Metal Gear mais ne réussi pas à sauver le docteur et est contraint à tué Gray Fox après un combat sur un champ de mine. Snake quitte à nouveau Fox Hound, Campbell fera de même plus tard.
- Roy Campbell : Seul membre restant

Fox Hound sous Liquid Snake : 2000-2005:
Peut de temps après la démission de Campbell et de Solid Snake, Liquid Snake, un des membres les plus talentueux de l'armée, reprend le contrôle de Fox Hound, ils prennent alors l'ile de Shadow Moses en Alaska, l'ile est un énorme complexe de désactivation d'ogive nucléaire. Le groupuscule demande aux Etats Unis les restes de Big Boss sinon quoi il lancerons un missile nucléaire et exécuterons des otages.
Snake et Campbell sont rapellés par les Etats Unis pour faire face à cette menace, Snake s'infiltre et apprend qu'un nouveau Metal Gear ce cache dans le complexe, le Metal Gear Rex. Snake à pour mission de détruire le Metal Gear après avoir échoué dans sa tentative de sauvetage des otages. Il détruira le Metal Gear et sauvera Meryl, la nièce de Campbell, ainsi que Hal Emmerich le créateur du Metal Gear Rex. Il affrontera Liquid jusqu'à ce que se dernier meurt du Fox Die.
Membres de Fox Hound sous Liquid:
- Liquid Snake : Commandant, soldat d'élite
- Revolver Ocelot : Tireur d'élite, expert en interrogatoire et en torture
- Sniper Wold : Tireur d'élite sniper
- Vulcan Raven : Expert en armements lourds (Tank, sulfateuse)
- Decoy Octopus : Maitre en camouflage
- Psycho Mantis : Pouvoirs psychiques